El capítulo XVI de Fundamentos de filosofía contiene, en primer lugar, una exposición del «Concepto y división de la metafísica». En obras posteriores de AMP no se encuentra ningún desmentido completo de esta doctrina. Por el contrario, lo que de metafísica se dice en Léxico filosófico o en La lógica de los conceptos metafísicos es perfectamente coherente, en general, con lo que en este lugar se sostiene. En ese lugar AMP presenta la metafísica en los términos habituales entre los escolásticos: es la ciencia del ente en cuanto ente. Su esquema puede ser el siguiente:

1. Preparación: la psicología preludia a la metafísica, al señalar que el objeto del entendimiento es el ente.

a) La forma común a los objetos del entendimiento es el ente: “entender las cosas es […] captar lo que ellas “son”” (p. 423).

b) Pero la psicología no se ocupa del ente en cuanto ente.

i) Trata del ente en cuanto objeto formal del entendimiento.

ii) El propio entendimiento es ente.

2. Nombres de la ciencia del ente en cuanto ente.

a) Filosofía primera

i) No en el orden de la adquisición: es última.

ii) Toda ciencia se le subordina, como todo ente al ente en general.

b) Metafísica

i) Ciencia “supraempírica”, es decir, “que trasciende el dominio de lo material y lo sensible”, p. 425.

ii) Es conocimiento “de algo real: lo real transfísico, no lo meramente físico”, p. 425.

iii) La posición de Kant.

c) Ontología: término nuevo y cómodo.

3. Objeto de la metafísica

a) Objeto material:

i) Todos los entes. No un ente determinado.

ii) Consecuencia: es propiamente filosofía, y filosofía simpliciter

iii) Aclaración: no es una enciclopedia, porque la idea del ente no es la de todos los entes.

b) Objeto formal

i) Objeto formal terminativo (quod):

(1) La entidad

(2) Características:

(a) No es sensible

(b) No es mutable

(c) No es material

ii) Objeto formal motivo (quo): abstracción metafísica

c) La inmaterialidad del ente

i) El ente es intrínsecamente inmaterial

ii) En los entes materiales, la entidad se “halla” en la materia, sin ser materia (inmaterialidad precisiva)

iii) Inmaterialidad positiva de lo inmaterial (inmaterialidad positiva)

4. Divisiones de la metafísica:

a) Distinción entre metafísica general y teoría del conocimiento.

b) La metafísica general se estructura en:

i) Estudio de las propiedades del ser

ii) Analítica ontológica: modos de ser y de actuar.

iii) Etiología del ser: Teología

c) Cuadro resumen:

1º. Parte descriptiva: ontología general

2º. Teoría del conocimiento

3º. Analítica ontológica

4º. Teología natural